Das IdGL wird durch einen Wissenschaftlichen Beirat beraten, der aus renommierten Fachwissenschaftlerinnen und Fachwissenschaftlern besteht, die auf den Gebieten der internationalen Südosteuropaforschung, des Bibliotheks- und Archivwesens sowie der Wissensvermittlung ausgewiesen sind. Der Beirat spielt eine zentrale Rolle in der Qualitätssicherung der Institutsarbeit. Die Mitglieder werden auf Vorschlag des Instituts für jeweils vier Jahre vom Innenministerium Baden-Württemberg berufen und können maximal zwei Amtsperioden angehören. Laut Satzung wird der Vorsitz des Beirats stets von einem Mitglied des Rektorats der Universität Tübingen übernommen.
In der konstituierenden Sitzung des Beirats für die Amtszeit 2026–2029 wurden folgende Mitglieder berufen:
- Prof. Dr. Florian Bieber (Universität Graz)
- Prof. Dr. Ewald Frie (Universität Tübingen), geschäftsführender Vorsitzender des Beirats
- Prof. Dr. Sabine Holtz (Universität Stuttgart)
- Dr. Regina Keyler (Universität Tübingen)
- Dr. James Koranyi (Universität Durham)
- Prof. Dr. Ségolène Plyer (Universität Straßburg)
- Prof. Dr. Máté Rigó (Universität München)
- Prof. Dr. Schamma Schahadat (Universität Tübingen)
- Prof. Dr. Monique Scheer (Universität Tübingen), Vorsitzende des Beirats
- Prof. Dr. István Szijártó (ELTE Budapest)
- Tillmann Tegeler, M.A. (Leibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung, Regenburg)
- Prof. Dr. Daniela Vladu (Universität Cluj-Napoca)