Das IdGL wird durch einen Wissenschaftlichen Beirat beraten, der aus renommierten Fachwissenschaftlerinnen und Fachwissenschaftlern besteht, die auf den Gebieten der internationalen Südosteuropaforschung, des Bibliotheks- und Archivwesens sowie der Wissensvermittlung ausgewiesen sind. Der Beirat spielt eine zentrale Rolle in der Qualitätssicherung der Institutsarbeit. Die Mitglieder werden auf Vorschlag des Instituts für jeweils vier Jahre vom Innenministerium Baden-Württemberg berufen und können maximal zwei Amtsperioden angehören. Laut Satzung wird der Vorsitz des Beirats stets von einem Mitglied des Rektorats der Universität Tübingen übernommen. Der Beirat besteht aus ordentlichen und Ehrenmitgliedern.
In der konstituierenden Sitzung des Beirats für die Amtszeit 2022–2025 wurden folgende Mitglieder berufen:
- Prof. Dr. Georg Braungart (Universität Tübingen)
- Prof. Dr. Jasna Čapo (Universität Zagreb)
- Prof. Dr. Gábor Erdődy (Eötvös Loránd Universität, Budapest)
- Prof. Dr. Ewald Frie (Universität Tübingen), geschäftsführender Vorsitzender des Beirats
- Prof. Dr. univ. Rudolf Gräf (Babeș-Bolyai Universität, Cluj-Napoca)
- Prof. Dr. Wolfgang Höpken (Universität Leipzig)
- Prof. Dr. Sabine Holtz (Universität Stuttgart)
- Dr. Regina Keyler (Universität Tübingen)
- Prof. Dr. Dietmar Neutatz (Universität Freiburg)
- Prof. Dr. Monique Scheer (Universität Tübingen), Vorsitzende des Beirats
- Prof. Dr. Winfried Schenk (Universität Bonn)
- Dr. Jürgen Warmbrunn (Herder-Institut für historische Ostmitteleuropaforschung – Leibniz-Gemeinschaft, Marburg)