Nach dem Zweiten Weltkrieg übernahm Baden-Württemberg 1954 die „Patenschaft über die Volksgruppe der Donauschwaben“. Im Rahmen dieser historischen Verantwortung wurde das Institut 1987 gegründet, wie in der Bekanntmachung der Landesregierung festgehalten: Gründungsauftrag des IdGL ist es, auf Basis von §96 des Bundesvertriebenengesetzes die Geschichte, Landeskunde und Dialekte der deutschen Siedlungsgebiete in Südosteuropa sowie die zeitgeschichtlichen Fragen von Flucht, Vertreibung und Eingliederung wissenschaftlich zu erforschen und zu dokumentieren. Es fördert zudem universitäre Lehrveranstaltungen, gibt Publikationen heraus und organisiert wissenschaftliche Tagungen. Ein wissenschaftlicher Beirat berät das Institut.
Das IdGL verfolgt das Leitbild „Migrations, Minorities, Memories“. Migrationen haben das nördliche Südosteuropa und dessen Beziehung zu Zentraleuropa entscheidend geprägt. Die ethnische, sprachliche, religiöse und kulturelle Diversität führte zu vielfältigen Erinnerungskulturen, die das regionale Selbstverständnis bis heute prägen. Dank seines innovativen Zugriffs und interdisziplinären Ansatzes ist das IdGL national wie international eine anerkannte Institution der deutschen Südosteuropaforschung. Dies wurde wiederholt, auch durch den wissenschaftlichen Beirat, bestätigt.
Das Institut konzentriert sich auf drei zentrale Arbeitsfelder: Forschung und Lehre, Dokumentation (Bibliothek, Archiv, Sammlungen) sowie Wissensvermittlung. Der interdisziplinäre Forschungsansatz vereint historische, politikwissenschaftliche, literatur-, sprach- und kulturwissenschaftliche Perspektiven. Die Forschung folgt einer doppelten transfergeschichtlichen Fragestellung: Zum einen werden die kulturellen Verflechtungen innerhalb Südosteuropas untersucht, zum anderen die Austauschprozesse, die nach Flucht und Vertreibung zwischen Baden-Württemberg bzw. Deutschland und den ehemaligen deutschen Siedlungsgebieten entstanden sind und sich aktuell im Kontext der Donauraumstrategie weiterentwickeln.
Das geografische Forschungsfeld umfasst das nördliche Südosteuropa, darunter Ungarn, Rumänien, Kroatien und Serbien, sowie angrenzende Regionen. Das IdGL pflegt enge, oft vertraglich geregelte Kooperationen mit Forschungseinrichtungen in diesen Ländern und darüber hinaus. Eine besonders intensive Zusammenarbeit besteht mit der Universität Tübingen, ein Beispiel für die Synergie zwischen universitärer und außeruniversitärer Forschung. Der internationale Austausch wird durch ein Stipendienprogramm gefördert, das die wissenschaftliche Vernetzung mit Südosteuropa stärkt. Die Vergabe von Kurzzeitstipendien an fortgeschrittene Studierende sowie Nachwuchswissenschaftlerinnen und -wissenschaftler aus Südosteuropa für Forschungsaufenthalte und die Teilnahme an Summer Schools am IdGL stellt eine weitere strukturbildende Maßnahme des Instituts dar.
Das IdGL veröffentlicht die „Schriftenreihe des Instituts für donauschwäbische Geschichte und Landeskunde“ im Steiner Verlag Stuttgart, seit 2022 im Open-Access-Format, um Forschungsergebnisse breiter verfügbar zu machen. Zudem ist das Institut Mitherausgeber des Jahrbuchs „Danubiana Carpathica“, gemeinsam mit der Kommission für Geschichte und Kultur der Deutschen in Südosteuropa (KGKDS), dem Institut für deutsche Kultur und Geschichte e.V. an der LMU München (IKGS) und dem Bukowina-Institut in Augsburg.
Über seine Website, einen Newsletter und soziale Medien informiert das IdGL regelmäßig über seine Aktivitäten und erreicht so sowohl die wissenschaftliche Fachwelt als auch die interessierte Öffentlichkeit.